1. Sono organi dell'Agenzia:
a) il presidente;
b) il consiglio di amministrazione;
c) il collegio dei revisori dei conti.
2. Il presidente ha la rappresentanza legale dell'Agenzia, sovrintende al suo funzionamento e vigila sull'esecuzione delle deliberazioni del consiglio di amministrazione. Può assumere deliberazioni di urgenza che devono essere sottoposte alla ratifica, nella prima seduta successiva, del consiglio di amministrazione. Il presidente è nominato con le procedure di cui all'articolo 3 della legge 23 agosto 1988, n. 400.
3. Il consiglio di amministrazione esercita tutte le competenze relative all'amministrazione e alla gestione dell'Agenzia che non sono espressamente riservate dallo statuto ad altri organi. Esso è composto dal presidente e da quattro membri, nominati con decreto del Ministro delle politiche agricole alimentari e forestali. Il consiglio può delegare ad uno o più componenti funzioni specifiche.